Η ινδονησιακή κυβέρνηση και το Κίνημα για μια Eλεύθερη Ατζέ (GAM) υπέγραψαν Μνημόνιο Συμφωνίας στο οποίο αναφέρονται διεξοδικά η συμφωνία και οι αρχές που διέπουν τη δημιουργία προϋποθέσεων με τις οποίες θα κυβερνηθεί ο λαός της Ατζέ μέσω δίκαιης και δημοκρατικής διαδικασίας στα πλαίσια του ενιαίου κράτους και του συντάγματος της Δημοκρατίας της Ινδονησίας. Το Μνημόνιο Συμφωνίας προβλέπει τη δημιουργία της Αποστολής Παρακολούθησης Ατζέ από την ΕΕ και τις συμμετέχουσες χώρες ASEAN με εντολή να παρακολουθεί την εφαρμογή των δεσμεύσεων που ανέλαβε η κυβέρνηση της Ινδονησίας και το GAM στο Μνημόνιο Συμφωνίας.
Το Μνημόνιο Συμφωνίας προβλέπει συγκεκριμένα ότι η κυβέρνηση της Ινδονησίας φέρει την ευθύνη για την ασφάλεια όλου του προσωπικού της Αποστολής Παρακολούθησης Ατζέ στην Ινδονησία και ότι θα συναφθεί συμφωνία για το καθεστώς αποστολής μεταξύ της κυβέρνησης της Ινδονησίας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Η επιχειρησιακή φάση της αποστολής αρχίζει στις 15 Σεπτεμβρίου 2005